Los efectos secundarios son efectos no deseables que aparecen en la toma de fármacos. En los antipsicóticos de primera generación, estos efectos se caracterizan por sedación, somnolencia, mareo y síntomas similares a los de la enfermedad de Parkinson, como los temblores. En los antipsicóticos de segunda generación, aparte de los ya descritos se produce habitualmente un incremento de ciertas sustancias en la sangre, como el colesterol o la glucosa. Y los antipsicóticos de primera y segunda generación se caracterizan también por un incremento de la prolactina, incrementos que dificultan la función sexual en los hombres, y en la mujer condicionan cambios en la menstruación, disfunciones en la secreción de leche por las mamas y ciertas disfunciones sexuales.
Como efecto secundario característico pero poco frecuente, aunque muy invalidante, hay que citar la acatisia, que es una sensación interna de quietud que impide que la persona pueda estar mucho tiempo sentada o acostada, y que para calmarse necesita pasear o deambular.
